Πλένουμε το σπανάκι και τα σέσκουλα και τα ζεματάμε σε καυτό νερό για 5 λεπτά. Τα σουρώνουμε και τα κόβουμε σε μέτρια κομμάτια.
Καθαρίζουμε τα υπόλοιπα λαχανικά και κόβουμε το κρεμμύδι σε κομμάτια, το σκόρδο σε πολύ μικρά κομματάκια και το πράσο σε λωρίδες.
Ζεσταίνουμε το ελαιόλαδο σε μέτρια φωτά και μαλακώνουμε το κρεμμύδι με το σκόρδο και το πράσο για 10 λεπτά. Προσθέτουμε το σπανάκι με τα σέσκουλα και την σούπα λαχανικών.
Βράζουμε τα λαχανικά για 10 λεπτά και προσθέτουμε τα αλάτι, το πιπέρι, το μοσχοκάρυδο και την κρέμα από της νιφάδες και συνεχίζουμε το βράσιμο σε χαμηλή φωτιά άλλα 5 λεπτά. Στο τέλος προσθέτουμε και τα αμύγδαλα.